当股东之间合同内容不一致时，要判断哪些内容有效，需依据《民法典》的相关规定。首先，合同内容必须是股东依法处分其权利的体现，且不损害公司和其他股东的权益。其次，合同需基于股东的真实意思表示，且内容合法。只有满足这些条件，合同中的相应内容才被视为有效。若存在违反上述条件的情况，则相关内容可能无效。
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从法律角度，股东之间合同内容不一致可能导致以下后果：一是合同部分或全部无效，影响股东权益的实现；二是引发股东之间的纠纷，影响公司正常运营；三是可能涉及违约责任，违约方需赔偿其他股东因此遭受的损失。因此，股东在签订合同时应确保内容一致、合法，避免潜在风险。
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若股东之间合同内容不一致发生纠纷，首先需明确合同中各条款的合法性及有效性，依据《民法典》的相关规定判断。若合同内容合法且双方意思表示真实，则应按合同约定处理；若存在无效条款，则需根据法律规定或双方协商进行调整或解除，必要时可诉诸法律途径解决。