单位能否扣除部分工资转为绩效，需看合同约定。若合同有约定，则合法；无约定，则违法。法律依据：《劳动合同法》规定，绩效工资扣除需基于劳动合同约定。若无约定，擅自扣除违法。
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处理此问题常见方式为：首先查阅劳动合同关于绩效的约定，再决定单位是否有权扣除。若合同明确约定绩效标准，按约定处理；若合同无约定，则单位无权擅自扣除，应全额发放基本工资。
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单位扣工资转绩效需谨慎。有合同约定按约定执行；无约定，应确保工资完整发放，避免违法扣减员工应得工资，引发劳动纠纷。