公司扣除公积金未上交是违法的。从法律角度看，公司为员工扣除公积金后，有义务将其上交给相关部门。若公司私自扣留，则侵犯了员工的合法权益。当发现公积金长时间未到账或公司明确拒绝上交时，表明问题比较严重，应及时寻求法律途径解决。
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从法律角度，针对不同情况，处理公司扣除公积金未上交问题的具体操作如下：1. 若公司承认扣除但未上交，可与公司协商制定还款计划，并要求其尽快补交。2. 若公司否认扣除或拒绝协商，应向当地劳动监察部门投诉，并提供相关证据，如工资条、银行流水等。3. 劳动监察部门调查后，如认定公司存在违法行为，会要求其整改并补交公积金。如公司仍不履行义务，可申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，要求公司赔偿损失并承担法律责任。在处理过程中，务必保留好相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。
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对于公司扣除公积金未上交的问题，常见的处理方式包括：与公司协商、向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼。选择处理方式时，应先尝试与公司沟通，若无效则考虑向劳动监察部门投诉，必要时可提起劳动仲裁或诉讼以维护自身权益。