调解协议签订后，若反悔或认为协议存在问题，仍可以起诉。依据《民事诉讼法》和《人民调解法》，当事人享有选择通过法律途径维护权益的权利，包括起诉等。请注意，及时处理反悔情况，避免协议无法执行引发纠纷。
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调解协议签订后，如果反悔并考虑寻求法律救济，可选择起诉或请求基层政府处理。关于如何选择，应基于纠纷的性质、证据情况和个人需求。涉及复杂法律或较大利益纠纷时，建议优先选择起诉；对于简单的纠纷，基层政府处理可能更快捷。
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关于调解协议后的起诉流程：
1. 若反悔，首先应收集相关证据以证明协议的缺陷或问题；
2. 咨询律师，评估起诉的胜算，获取专业建议；
3. 根据律师建议，准备起诉所需材料，并向法院正式提交；
4. 参与庭审，清晰陈述事实与理由，提供有力证据；
5. 等待法院判决，并按判决结果执行。如选择请求基层政府处理，则按照相应流程向当地基层人民政府提出申请，参与调解过程。